Mit einer Länge von 560 Kilometern, einer Breite bis zu 80 Kilometern und einer Tiefe von bis zu 704 Metern ist der Malawisee einer der größten Afrikanischen Großen Seen im Ostafrikanischen Grabenbruch. Er wird dort hinsichtlich seiner Fläche nur vom Tanganjikasee und vom Viktoriasee übertroffen. Da der See seit mehr als einer Million Jahren existiert, gehört er zu den Langzeitseen der Erde.